可视化表面#

在这个笔记本中，我们从一个胚胎样体的3D数据集创建了一个表面网格。所使用的示例数据源自 AV Luque 和 JV Veenvliet (2023)，遵循 CC-BY 许可。关于如何从原始成像数据创建表面，请参见 creating_surfaces。

我们使用 napari-process-points-and-surfaces、vedo 和 napari 来可视化表面。

import napari_process_points_and_surfaces as nppas

import vedo
import napari

surface = nppas.gastruloid()

The nppas gastruloid example is derived from AV Luque and JV Veenvliet (2023) which is licensed CC-BY (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode) and can be downloaded from here: https://zenodo.org/record/7603081

在Jupyter笔记本中，结果对象的可视化如下：

surface
nppas.SurfaceTuple
origin (z/y/x)[0. 0. 0.]
center of mass(z/y/x)57.561,308.175,440.144
scale(z/y/x)1.000,1.000,1.000
bounds (z/y/x)13.983...112.865
110.951...460.844
168.949...807.707
average size171.204
number of vertices3324
number of faces6643
 
surface2 = nppas.add_quality(surface, nppas.Quality.SPHERE_FITTED_CURVATURE_HECTA_VOXEL)
surface2.azimuth = -90
surface2
nppas.SurfaceTuple
origin (z/y/x)[0. 0. 0.]
center of mass(z/y/x)57.561,308.175,440.144
scale(z/y/x)1.000,1.000,1.000
bounds (z/y/x)13.983...112.865
110.951...460.844
168.949...807.707
average size171.204
number of vertices3324
number of faces6643
min0.00015164456647196744
max0.0005448766287854695

使用 napari-process-points-and-surfaces 的 nazimuths.show() 可视化表面#

你可以使用 nppas.show() 来调整可视化效果。

nppas.show(surface, zoom=1.5, azimuth=90, elevation=45)
../_images/02951cfc15270d36642b28a0ce1ef0fa6ed8d74754820f3968b4db1de4604e4d.png

使用 vedo 可视化表面#

… 使用 vedo Plotter。

from vedo import Plotter

plt = Plotter()
mesh = nppas.to_vedo_mesh(surface)

plt.show(mesh, zoom=1, azimuth=45)
../_images/ae20eb2a9df535bb2ed8a76cae2f1ae053e5f2a6ed1192c7c801613815e3f32f.png

使用 napari 可视化表面#

import napari
viewer = napari.Viewer(ndisplay=3)

viewer.add_surface(surface)

napari.utils.nbscreenshot(viewer)

viewer.add_surface(surface2, colormap=surface2.cmap)

napari.utils.nbscreenshot(viewer)