在Napari中进行交互式像素分类和对象分割

在Napari中进行交互式像素分类和对象分割#

在这个练习中,我们将训练一个随机森林分类器来进行像素分类,并将结果转换为实例分割。我们将使用napari插件napari-accelerated-pixel-and-object-classification。

打开终端窗口并激活你的conda环境:

conda activate devbio-napari-env

之后,启动Napari:

napari

从菜单File > Open Sample > clEsperanto > Blobs (from ImageJ)加载”Blobs”示例数据集

为了分割对象,我们可以使用APOC中的对象分割工具。在底层,它使用像素分类器和连通组件标记。以下步骤也在这个视频中展示。

从菜单Tools > Segmentation / Labeling > Object Segmentation (APOC)启动对象分割。

通过点击此按钮添加新的标签层:

将画笔大小改为较小的数字,如2或3。

点击Paint brush按钮。

开始在没有对象的背景区域进行标注。

将绘制的标签增加1。

在感兴趣的对象内部绘制标注。将背景和对象标注绘制得彼此靠近。这两个标注绘制得越近,计算机在之后优化模型时的自由度就越小。

在右侧的Object segmentation用户界面中,选择要处理的图像/通道。

还要选择你刚刚绘制的标注标签图像。

点击Train。应该会出现一个标签图像。

如果分割效果良好,考虑备份已保存的ObjectSegmenter.cl文件。如果你在训练前没有更改文件位置,它将位于你在命令行启动napari的文件夹中。