修改组织边界#

在对物体团块(如类器官中的细胞)进行分割时,可能会出现与背景相接的组织边缘处的细胞分割不当的情况。为了只修改这些细胞,对标签图像进行后处理,仅修改靠近背景的物体边界可能是有意义的。

import pyclesperanto_prototype as cle

# import a function from a file in the same folder
from simulated_cell_clumb import simulate_data

为了演示,我们模拟一个细胞团块。

cells = simulate_data()
cells
cle._ image
shape(200, 200)
dtypeuint32
size156.2 kB
min0.0
max40.0

我们可以像处理二值图像一样腐蚀整个标签场,同时保持像素的标签。通过这种方式,只有与背景相邻的标签会被修改。

eroded_cells = cle.erode_connected_labels(cells, radius=5)
eroded_cells
cle._ image
shape(200, 200)
dtypeuint32
size156.2 kB
min0.0
max40.0

仅作比较,这与标签腐蚀有何不同:

eroded_cells2 = cle.erode_labels(eroded_cells, radius=5)
eroded_cells2
cle._ image
shape(200, 200)
dtypeuint32
size156.2 kB
min0.0
max40.0