识别接触背景的标签#
在发育生物学中，区分细胞层（例如在上皮组织中）是一项常见任务。因此，了解一个细胞是否是外层的一部分，是否接触背景可能会很有用。在这个笔记本中，我们将测量并可视化这一点。
为了演示，我们将模拟一团细胞。
import pyclesperanto_prototype as cle
# import a function from a file in the same folder
from simulated_cell_clumb import simulate_data
cells = simulate_data()
cells
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cle._ image
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确定哪些细胞接触背景#
为了确定哪些细胞接触背景，我们需要生成一个接触矩阵，告诉我们哪些对象接触其他对象。
touch_matrix = cle.generate_touch_matrix(cells)
touch_matrix
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cle._ image
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这个图像中的第一行和第一列代表接触背景的对象。我们可以像这样读取这第一行或列：
touching_background = touch_matrix[0]
touching_background
cle.array([0. 1. 1. 1. 0. 1. 1. 1. 0. 1. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 0. 1. 1. 0. 0. 1. 0. 0. 1. 0. 1. 1. 0. 0. 1. 1. 0. 0. 1. 1. 1.], dtype=float32)
我们可以在原始图像坐标中将其可视化。
cle.replace_intensities(cells, touching_background)
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cle._ image
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或者我们可以获得一个代表这些对象的标签图像。
cle.exclude_labels(cle.binary_not([touching_background]), cells)
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cle._ image
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