El Asistente de Napari

El Asistente de Napari es un complemento para napari que te permite configurar un flujo de trabajo de procesamiento de imágenes.

Este tutorial también está disponible en video napari-assistant.mp4.

Inicia napari desde la línea de comandos de esta manera:

conda activate my_first_env

napari

Se abrirá la ventana de napari. Haz clic en el menú Archivo > Abrir Muestras Células(3D+2Ch) para abrir una imagen de ejemplo.

Puedes explorar este conjunto de datos haciendo clic en el botón de vista 2D/3D.

Inicia el Asistente de Napari desde el menú Herramientas > Utilidades > Asistente (na).

Dentro del panel Asistente, haz clic en el botón Eliminar ruido.

Haz clic en los botones Ojo en la lista de capas para ocultar la imagen original y mostrar solo el resultado del paso Eliminar ruido.

Haz clic en el botón Binarizar en el panel del Asistente para agregar un nuevo paso al flujo de trabajo que genera una imagen binaria a partir de la capa actual.

Alterna entre las vistas 2D/3D y la visibilidad de las capas para explorar el resultado del paso Binarizar.

Después de volver a la vista 2D, haz clic en el botón Etiquetar en el Asistente y elige la operación Etiquetado de componentes conectados (clEsperanto).

Selecciona la capa Resultado de gaussian_blur en la lista de capas y modifica sus parámetros sigma. Notarás que los pasos subsiguientes (Umbral de Otsu y Etiquetado de Componentes Conectados) también se actualizan.

Cambia a la vista de cuadrícula, muestra todas las capas usando sus botones Ojo y continúa modificando los parámetros.

Cierra todas las capas excepto núcleos y membrana.

Desactiva la vista de cuadrícula y haz clic nuevamente en el botón Etiquetar en el Asistente.

Esta vez, no cambies la operación sino el parámetro spot_sigma en su lugar.

Cambia nuevamente a la vista 3D e inspecciona el resultado de este único paso.