Unión de imágenes

En este notebook demostramos cómo se pueden unir imágenes. La unión es comúnmente necesaria cuando las imágenes se adquieren en mosaicos [superpuestos]. La combinación de estos mosaicos vertical u horizontalmente se llama unión.

from skimage.io import imread
import stackview
import matplotlib.pyplot as plt
import pyclesperanto_prototype as cle
import numpy as np

Después de adquirir las imágenes, normalmente se sabe cuánto se superponen. Aquí asumimos que la superposición se da como un número de píxeles. Si solo conoces el porcentaje de superposición, necesitas calcular este número multiplicando el porcentaje por el tamaño de la imagen (ancho o alto).

num_overlap_pixels = 40

image1 = imread("../../data/blobs_stitching1_overlap40.tif")
image2 = imread("../../data/blobs_stitching2_overlap40.tif")
fig, ax = plt.subplots(1, 2)
stackview.imshow(image1, plot=ax[0])
stackview.imshow(image2, plot=ax[1])

Ten en cuenta que estas imágenes contienen algunos píxeles superpuestos. Si simplemente ensamblamos las imágenes una al lado de la otra, veremos estos píxeles dos veces.

cle.combine_horizontally(image1, image2)

cle._ image shape (254, 296) dtype float32 size 293.7 kB min 8.0 max 248.0

Pyclesperanto permite unir las imágenes con superposición. La región superpuesta se mezclará linealmente.

cle.stitch_horizontally_linear_blending(image1, image2, num_pixels_overlap=num_overlap_pixels)

cle._ image shape (254, 256) dtype float32 size 254.0 kB min 8.0 max 248.00002

Para demostrar cómo funciona la mezcla lineal, creamos dos imágenes sintéticas. Primero las combinamos como se mostró anteriormente.

syn_image1 = np.ones((100, 100))
syn_image2 = np.ones((100, 100)) * 2

cle.combine_horizontally(syn_image1, syn_image2)

cle._ image shape (100, 200) dtype float32 size 78.1 kB min 1.0 max 2.0

Luego unimos las imágenes usando mezcla lineal.

cle.stitch_horizontally_linear_blending(syn_image1, syn_image2, num_pixels_overlap=30)

cle._ image shape (100, 170) dtype float32 size 66.4 kB min 1.0 max 2.0

Nota: El cálculo de los parámetros de registro para la superposición óptima de las imágenes actualmente no está soportado en pyclesperanto.