Guardando y cargando superficies

En este cuaderno guardaremos una superficie en el disco y la volveremos a cargar desde allí usando vedo.

Ver también

• https://vedo.embl.es/docs/vedo/io.html#write

• https://vedo.embl.es/docs/vedo/io.html#load

import napari_process_points_and_surfaces as nppas
import vedo

from branchoid import branchoid

El punto de partida es nuevamente la superficie del branchoide simulado.

binary_image = branchoid()
surface = nppas.all_labels_to_surface(binary_image)
surface

nppas.SurfaceTuple origin (z/y/x) [0. 0. 0.] center of mass(z/y/x) 50.000,46.575,42.589 scale(z/y/x) 1.000,1.000,1.000 bounds (z/y/x) 25.500...74.500 2.500...88.500 2.500...83.500 average size 31.277 number of vertices 19040 number of faces 38076

Guardando superficies en el disco

La librería vedo tiene funciones para guardar y cargar mallas de superficies. Para convertirlas desde/hacia tuplas de superficies compatibles con napari, usamos napari-process-points-and-surfaces (nppas).

mesh = nppas.to_vedo_mesh(surface)

filename = "../../data/branchoid.ply"

_ = vedo.write(mesh, filename)

Cargando mallas desde el disco

new_mesh = vedo.load(filename)
new_mesh

vedo.mesh.Mesh (../../data/branchoid.ply) bounds (x/y/z) 25.50 ... 74.50 2.500 ... 88.50 2.500 ... 83.50 center of mass (50.0, 46.6, 42.6) average size 31.277 nr. points / faces 19040 / 38076

new_surface = nppas.to_napari_surface_data(new_mesh)
new_surface

nppas.SurfaceTuple origin (z/y/x) [0. 0. 0.] center of mass(z/y/x) 50.000,46.575,42.589 scale(z/y/x) 1.000,1.000,1.000 bounds (z/y/x) 25.500...74.500 2.500...88.500 2.500...83.500 average size 31.277 number of vertices 19040 number of faces 38076