Modificación de los bordes de los tejidos

Al segmentar grupos de objetos, como células en un organoide, puede ocurrir que las células segmentadas en el borde del tejido, tocando el fondo, no se segmenten correctamente. Para modificar solo esas, puede tener sentido post-procesar una imagen de etiquetas modificando solo los bordes de los objetos cercanos al fondo.

import pyclesperanto_prototype as cle

# import a function from a file in the same folder
from simulated_cell_clumb import simulate_data

Para demostrarlo, simulamos un grupo de células.

cells = simulate_data()
cells

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0

Podemos erosionar todo el campo de etiquetas como si fuera una imagen binaria, manteniendo los píxeles etiquetados. Con esto, solo se modifican las etiquetas en el borde con el fondo.

eroded_cells = cle.erode_connected_labels(cells, radius=5)
eroded_cells

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0

Solo para comparar, cómo esto es diferente de la erosión de etiquetas:

eroded_cells2 = cle.erode_labels(eroded_cells, radius=5)
eroded_cells2

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0