Escalando listas de coordenadas#
Suponga que tiene una lista de coordenadas derivadas de una imagen. En caso de que la imagen tenga un tamaño de píxel especificado, puede convertir las coordenadas de píxeles en coordenadas físicas.
from skimage.io import imread
import pyclesperanto_prototype as cle
import stackview
image = imread("../../data/blobs.tif")[:50,:50]
label_image = cle.voronoi_otsu_labeling(image, spot_sigma=4)
label_image
|
cle._ image
|
A partir de los objetos en esta imagen etiquetada, podemos obtener coordenadas de centroides.
centroids = cle.centroids_of_labels(label_image)
centroids
cle.array([[ 0.7586207 7.7894735 17.849672 24.59091 29.01266 43.57143 ] [26.275862 44.63158 17.79085 4.071429 47.02532 26.266666 ]], dtype=float32)
Tal lista de puntos tiene d veces n números para d dimensiones (comúnmente 2 o 3) y n puntos.
centroids.shape
(2, 6)
En caso de que se conozca el tamaño de píxel, podemos calcular las coordenadas del centroide en unidades físicas.
pixel_size_in_microns = [0.1, 0.1]
centroids_in_microns = centroids * cle.asarray([pixel_size_in_microns]).T
centroids_in_microns
cle.array([[0.07586207 0.77894735 1.7849673 2.459091 2.9012659 4.357143 ] [2.6275861 4.463158 1.779085 0.40714288 4.702532 2.6266668 ]], dtype=float32)