(image_segmentation.split_touching_objects)

Separar objetos que se tocan

En esta sección, separaremos objetos en imágenes binarias que tienen una forma redondeada y se tocan entre sí. Utilizaremos el complemento de napari napari-segment-blobs-and-things-with-membranes. Internamente, este complemento utiliza funciones de scikit-image.

from napari_segment_blobs_and_things_with_membranes import threshold_otsu, split_touching_objects
from skimage.io import imread
from skimage import data
from pyclesperanto_prototype import imshow

El punto de partida para esto es una imagen binaria, por ejemplo, creada mediante umbralización.

blobs = imread('../../data/blobs.tif')

binary = threshold_otsu(blobs)

imshow(binary)

Luego podemos separar los objetos que se tocan teniendo en cuenta solo la imagen binaria. El algoritmo subyacente tiene como objetivo producir resultados similares al algoritmo de cuenca hidrográfica binaria de ImageJ y la implementación aquí también funciona en 3D.

split_objects = split_touching_objects(binary)
imshow(split_objects)