Clasificación interactiva de objetos en Napari#
En este ejercicio entrenaremos un Clasificador de Bosque Aleatorio para clasificar objetos segmentados. Usaremos el complemento de napari napari-accelerated-pixel-and-object-classification.
Primeros pasos#
Abre una ventana de terminal y activa tu entorno conda:
conda activate devbio-napari-env
Después, inicia Napari:
napari
Carga el conjunto de datos de ejemplo “Blobs” desde el menú File > Open Sample > clEsperanto > Blobs (from ImageJ)
Además, necesitamos una imagen de etiquetas. Puedes crearla usando el clasificador de píxeles entrenado anteriormente
o usando el menú Tools > Segmentation / labeling > Gauss-Otsu Labeling (clesperanto).
Clasificación de objetos#
Nuestro punto de partida es una imagen cargada y una imagen de etiquetas con objetos segmentados. El siguiente procedimiento también se muestra en este video.
Añade otra imagen de etiquetas. Renombra la imagen de etiquetas, por ejemplo, a Label class annotation para no confundirla con la otra.
Activa la Brush tool.
Coloca pequeños puntos con la etiqueta 1 en objetos pequeños y redondeados (para fines de entrenamiento: realmente solo los más pequeños).
Aumenta la label a 2.
Dibuja una línea a través de los objetos alargados más grandes en el centro de la imagen.
Inicia la herramienta de clasificación de objetos desde el menú Tools > Segmentation post-processing > Object classification (APOC)
En esta interfaz de usuario, activa la casilla shape.
Selecciona image, labels y annotation de esta manera:
Haz clic en Run. Después de un segundo, debería aparecer una nueva capa de etiquetas con objetos anotados en marrón/azul. Algunos objetos redondos más grandes serán azules involuntariamente.
Oculta la capa de clasificación recién creada.
Selecciona tu capa de anotaciones.
Anota algunos objetos más redondeados, esta vez los más grandes.
Entrena el clasificador de nuevo.
Si estás satisfecho con el clasificador entrenado, copia el archivo a un lugar seguro. Al entrenar el siguiente clasificador, este podría sobrescribirse.
Ejercicio extra#
Vuelve a entrenar el clasificador para que pueda diferenciar tres clases diferentes:
Objetos pequeños y redondos
Objetos grandes y redondos
Objetos grandes y alargados