Interaktive Bildvisualisierung mit napari#
napari ist ein Python-basierter Bildbetrachter. Dieses Notebook demonstriert, wie man ihn von Python aus fernsteuern kann.
Siehe auch
Zum Öffnen eines Bildes verwenden wir weiterhin scikit-image:
import napari
from skimage.io import imread
import napari_segment_blobs_and_things_with_membranes as nsbatm
import napari_skimage_regionprops as nsr
# Erstellen eines leeren Viewers
viewer = napari.Viewer()
Zuerst laden wir ein Bild und zeigen es im Viewer an.
image = imread('../../data/nuclei.tif')
viewer.add_image(image)
<Image layer 'image' at 0x1e423868df0>
Mit diesem Befehl können wir einen Screenshot von napari machen und ihn in unserem Notebook speichern.
napari.utils.nbscreenshot(viewer)
Zellsegmentierung#
Wir können auch die Zellkerne segmentieren und sie über dem Bild anzeigen.
label_image = nsbatm.voronoi_otsu_labeling(image, spot_sigma=9)
# Labels zum Viewer hinzufügen
label_layer = viewer.add_labels(label_image)
Sie können markierte Objekte als Overlay visualisieren (standardmäßig)
napari.utils.nbscreenshot(viewer)
… oder als undurchsichtige Konturen
label_layer.contour = 2
label_layer.opacity = 1
napari.utils.nbscreenshot(viewer)
Quantitative Messungen#
Wir können auch quantitative Messungen ableiten und sie an den napari Viewer anhängen.
nsr.regionprops_table(image, label_image, napari_viewer=viewer)
napari.utils.nbscreenshot(viewer)
Napari status bar display of label properties disabled because https://github.com/napari/napari/issues/5417 and https://github.com/napari/napari/issues/4342
