Speichern und Laden von Oberflächen

In diesem Notebook werden wir eine Oberfläche auf der Festplatte speichern und von dort wieder laden, unter Verwendung von vedo.

Siehe auch

• https://vedo.embl.es/docs/vedo/io.html#write

• https://vedo.embl.es/docs/vedo/io.html#load

import napari_process_points_and_surfaces as nppas
import vedo

from branchoid import branchoid

Ausgangspunkt ist wieder die Oberfläche des simulierten Branchoids.

binary_image = branchoid()
surface = nppas.all_labels_to_surface(binary_image)
surface

nppas.SurfaceTuple origin (z/y/x) [0. 0. 0.] center of mass(z/y/x) 50.000,46.575,42.589 scale(z/y/x) 1.000,1.000,1.000 bounds (z/y/x) 25.500...74.500 2.500...88.500 2.500...83.500 average size 31.277 number of vertices 19040 number of faces 38076

Speichern von Oberflächen auf der Festplatte

Die vedo Bibliothek stellt Funktionen zum Speichern und Laden von Oberflächennetzen bereit. Um sie von/zu napari-kompatiblen Oberflächen-Tupeln zu konvertieren, verwenden wir napari-process-points-and-surfaces (nppas).

mesh = nppas.to_vedo_mesh(surface)

filename = "../../data/branchoid.ply"

_ = vedo.write(mesh, filename)

Laden von Netzen von der Festplatte

new_mesh = vedo.load(filename)
new_mesh

vedo.mesh.Mesh (../../data/branchoid.ply) bounds (x/y/z) 25.50 ... 74.50 2.500 ... 88.50 2.500 ... 83.50 center of mass (50.0, 46.6, 42.6) average size 31.277 nr. points / faces 19040 / 38076

new_surface = nppas.to_napari_surface_data(new_mesh)
new_surface

nppas.SurfaceTuple origin (z/y/x) [0. 0. 0.] center of mass(z/y/x) 50.000,46.575,42.589 scale(z/y/x) 1.000,1.000,1.000 bounds (z/y/x) 25.500...74.500 2.500...88.500 2.500...83.500 average size 31.277 number of vertices 19040 number of faces 38076