Bilddekonvolution#
Bilddekonvolution ist auch nur eine spezielle Form der Bildfilterung. Wir widmen ihr ein ganzes Kapitel, da Dekonvolutionen eine wichtige Rolle in der Fluoreszenzmikroskopie spielen.
Wir werden die Prinzipien anhand von zweidimensionalen Bildern demonstrieren. Es soll jedoch hervorgehoben werden, dass Dekonvolution wenn möglich in drei Dimensionen durchgeführt werden sollte, da die zugrunde liegenden physikalischen Prinzipien nicht in allen Richtungen gleich sind; die Punktspreizfunktion ist in der Fluoreszenzmikroskopie typischerweise nicht symmetrisch.
Installation der Voraussetzungen#
Wir werden RedLionFish und SimpleITK für die Dekonvolution von Bildern verwenden. Der Einfachheit halber werden wir mit letzterem über eine Komfortschicht, napari-simpleitk-image-processing, arbeiten. Geben Sie diese Befehle im Terminal ein, um alles zu installieren:
mamba install reikna pyopencl -c conda-forge
pip install redlionfish
pip install napari-simpleitk-image-processing