Modifizieren von Gewebegrenzen

Bei der Segmentierung von Objektansammlungen, wie zum Beispiel Zellen in einem Organoid, kann es vorkommen, dass die segmentierten Zellen am Gewebebereich, die den Hintergrund berühren, nicht korrekt segmentiert werden. Um nur diese zu modifizieren, kann es sinnvoll sein, ein Beschriftungsbild nachzubearbeiten, indem man nur die Objektgrenzen in der Nähe des Hintergrunds verändert.

import pyclesperanto_prototype as cle

# import a function from a file in the same folder
from simulated_cell_clumb import simulate_data

Zur Demonstration simulieren wir eine Ansammlung von Zellen.

cells = simulate_data()
cells

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0

Wir können das gesamte Feld von Beschriftungen erodieren, als ob es ein Binärbild wäre, während die Pixel beschriftet bleiben. Dadurch werden nur die Beschriftungen an der Grenze zum Hintergrund modifiziert.

eroded_cells = cle.erode_connected_labels(cells, radius=5)
eroded_cells

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0

Nur zum Vergleich, wie sich dies von der Beschriftungserosion unterscheidet:

eroded_cells2 = cle.erode_labels(eroded_cells, radius=5)
eroded_cells2

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0