Den Computer einrichten#
Dieses Kapitel enthält Anweisungen zur Einrichtung Ihres Computers, um Python zur Analyse von Bildern auszuführen.
Python und Conda-Umgebungen einrichten#
Bei der Arbeit mit Python werden wir viele Plugins und Software-Bibliotheken verwenden, die organisiert werden müssen. Eine Möglichkeit dafür ist die Verwaltung von Conda-Umgebungen. Eine Conda-Umgebung kann als virtueller Desktop oder virtueller Computer betrachtet werden, auf den über das Terminal zugegriffen werden kann. Wenn Sie Software in einer Conda-Umgebung installieren, ist sie möglicherweise von einer anderen Umgebung aus nicht zugänglich. Wenn eine Conda-Umgebung beschädigt wird, z.B. durch die Installation inkompatibler Software, können Sie einfach eine neue erstellen und von vorn beginnen.
Siehe auch
Schritt 1: Mambaforge installieren#
Laden Sie Conda herunter und installieren Sie es. Wir empfehlen die Conda-Distribution Mambaforge.
Für eine einfache Handhabung wird empfohlen, es nur für Ihren eigenen Gebrauch zu installieren und Conda während der Installation zur PATH-Variable hinzuzufügen.
Schritt 2: devbio-napari installieren#
Wir empfehlen die Installation von devbio-napari, einer Distribution von napari mit einer Reihe von Plugins für die Biobildanalyse.
Verwenden Sie diesen Befehl im Terminal:
mamba create --name devbio-napari-env python=3.9 devbio-napari -c conda-forge
Tipp: Es wird empfohlen, für jedes Projekt, das Sie ausführen, eine eigene Umgebung zu erstellen. Auf diese Weise können installierte Software-Bibliotheken und Tools sich nicht gegenseitig beeinträchtigen.
Schritt 3: Die Installation testen#
Anschließend können Sie die Umgebung betreten, um damit zu arbeiten. Wenn Sie wieder am selben Projekt arbeiten möchten, sollten Sie eine Kommandozeile starten und Folgendes eingeben:
mamba activate devbio-napari-env
Starten Sie Jupyter lab vom Terminal aus wie folgt:
jupyter lab
Ein Browser wird geöffnet und zeigt Ihnen die folgende Webseite. Klicken Sie im Abschnitt Notebook auf “Python 3 (ipykernel)”, um ein neues Notebook zu erstellen:
Klicken Sie im neuen Notebook in die erste Code-Zelle, geben Sie print("Hello world") ein und drücken Sie SHIFT+ENTER auf Ihrer Tastatur.
Wenn alles richtig installiert ist, sollte es so aussehen:
Um zu testen, ob Ihr Grafikkartentreiber korrekt installiert ist, geben Sie diesen Code ein:
import pyclesperanto_prototype as cle
cle.get_device()
Fehlerbehebung: Grafikkartentreiber#
Falls Fehlermeldungen wie “ImportError: DLL load failed while importing cl: The specified procedure could not be found” siehe auch oder “clGetPlatformIDs failed: PLATFORM_NOT_FOUND_KHR” auftreten, installieren Sie bitte aktuelle Treiber für Ihre Grafikkarte und/oder OpenCL-Gerät.
Wählen Sie die richtige Treiberquelle abhängig von Ihrer Hardware aus dieser Liste:
Manchmal müssen Mac-Benutzer Folgendes installieren:
mamba install -c conda-forge ocl_icd_wrapper_apple
Manchmal müssen Linux-Benutzer Folgendes installieren:
mamba install -c conda-forge ocl-icd-system
Fehlerbehebung: DLL load failed#
Im Falle von Fehlermeldungen wie dieser:
[...] _get_win_folder_with_pywin32
from win32com.shell import shellcon, shell
ImportError: DLL load failed while importing shell: The specified procedure could not be found.
Versuchen Sie diesen Befehl innerhalb der Basisumgebung:
conda activate base
pip install --upgrade pywin32==228