Skalierung von Koordinatenlisten#
Nehmen wir an, Sie haben eine Liste von Koordinaten, die von einem Bild abgeleitet wurden. Falls das Bild eine spezifizierte Pixelgröße hat, können Sie Pixelkoordinaten in physische Koordinaten umwandeln.
from skimage.io import imread
import pyclesperanto_prototype as cle
import stackview
image = imread("../../data/blobs.tif")[:50,:50]
label_image = cle.voronoi_otsu_labeling(image, spot_sigma=4)
label_image
|
cle._ image
|
Von den Objekten in diesem Labelbild können wir Schwerpunktkoordinaten ableiten.
centroids = cle.centroids_of_labels(label_image)
centroids
cle.array([[ 0.7586207 7.7894735 17.849672 24.59091 29.01266 43.57143 ] [26.275862 44.63158 17.79085 4.071429 47.02532 26.266666 ]], dtype=float32)
Eine solche Punktliste hat d mal n Zahlen für d Dimensionen (üblicherweise 2 oder 3) und n Punkte.
centroids.shape
(2, 6)
Falls die Pixelgröße bekannt ist, können wir die Schwerpunktkoordinaten in physischen Einheiten berechnen.
pixel_size_in_microns = [0.1, 0.1]
centroids_in_microns = centroids * cle.asarray([pixel_size_in_microns]).T
centroids_in_microns
cle.array([[0.07586207 0.77894735 1.7849673 2.459091 2.9012659 4.357143 ] [2.6275861 4.463158 1.779085 0.40714288 4.702532 2.6266668 ]], dtype=float32)