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    • Intensitätsmessung an Labelgrenzen
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    • Messung von Abständen zwischen Objekten
    • Abstand zu einer Mittellinie messen
  • Nachbarschaftsanalyse in Geweben
    • Nachbarschaftsdefinitionen
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    • Regionale Eigenschaften von Labels
    • Distanz-Meshes zwischen Nachbarn zeichnen
    • Messen Sie den Abstand zu Zellen in einem anderen Markierungsbild
    • Zähle proximale Labels in einem anderen Label-Bild
    • Nachbargitter in drei Dimensionen
    • Nachbarschaftsfilter für Labels
  • Zellklassifizierung
    • Objektklassifizierung auf OpenCL-kompatiblen GPUs
    • Interaktive Objektklassifizierung in Napari
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    • Szenario: Vergleich verschiedener Implementierungen des gleichen Schwellenwert-Algorithmus
    • Visueller Vergleich der Kennzeichnungen
    • Jaccard-Index versus Genauigkeit
  • Daten simulieren
    • Simulation der Bildentstehung + Bildwiederherstellung

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    • Warum GPU-Beschleunigung sinnvoll ist
    • Verfolgung des Speicherverbrauchs
    • Weiterführende Lektüre
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    • Interaktive Parametereinstellung mit napari und magicgui
    • Visualisierung von Regioneneigenschaften in napari
    • Tribolium-Embryo-Morphometrie über die Zeit in Napari
    • Interaktives Zuschneiden mit napari
  • Gekachelte Bildverarbeitung
    • Gekachelte Bildverarbeitung, ein schneller Durchlauf
    • Kachelung von Bildern - der naive Ansatz
    • Kacheln von Bildern mit Überlappung
    • Zusammenhangskomponenten-Markierung in Kacheln
    • Messungen an Objekten in gekachelten Bildern
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    • Segmentierungsalgorithmen optimieren
    • Optimierung der Parameter für die zellbasierte Segmentierung von Membranbildern

Appendix

  • Glossar
  • Imprint
  • repository
  • open issue
  • .md

Nachbarschaftsanalyse in Geweben

Nachbarschaftsanalyse in Geweben#

Siehe auch

  • Räumliche Organisation von Dickdarmkrypten aus Bildern der Zweiten Harmonischen Generation (SHG) von fibrillärem Kollagen in Mäusedärmen

  • squidpy

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Abstand zu einer Mittellinie messen

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Nachbarschaftsdefinitionen

By Robert Haase, Guillaume Witz, Miguel Fernandes, Marcelo Leomil Zoccoler, Shannon Taylor, Mara Lampert, Till Korten & add-your-name-here-by-sending-a-pull-request-containing-a-notebook

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