Identifizierung von Beschriftungen, die den Hintergrund berühren
In der Entwicklungsbiologie ist es eine häufige Aufgabe, Zellschichten zu unterscheiden, zum Beispiel in epithelialem Gewebe. Daher kann es nützlich sein zu wissen, ob eine Zelle Teil einer äußeren Schicht ist, ob sie den Hintergrund berührt. In diesem Notebook messen und visualisieren wir dies.
Zur Demonstration simulieren wir einen Zellhaufen.
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cle._ image
shape | (200, 200) |
dtype | uint32 |
size | 156.2 kB |
min | 0.0 | max | 41.0 |
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Bestimmen, welche Zellen den Hintergrund berühren
Um festzustellen, welche Zellen den Hintergrund berühren, müssen wir eine Berührungsmatrix erstellen, die uns anzeigt, welche Objekte welche anderen berühren.
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cle._ image
shape | (42, 42) |
dtype | float32 |
size | 6.9 kB |
min | 0.0 | max | 1.0 |
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Die erste Zeile und Spalte in diesem Bild repräsentieren Objekte, die den Hintergrund berühren. Wir können diese erste Zeile oder Spalte wie folgt auslesen:
cle.array([0. 1. 1. 1. 0. 1. 1. 1. 0. 1. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 0. 1. 1.
0. 0. 1. 0. 0. 1. 0. 1. 1. 0. 0. 1. 1. 0. 0. 1. 1. 1.], dtype=float32)
Und wir können es in den ursprünglichen Bildkoordinaten visualisieren.
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cle._ image
shape | (200, 200) |
dtype | float32 |
size | 156.2 kB |
min | 0.0 | max | 1.0 |
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Oder wir können ein Beschriftungsbild erhalten, das diese Objekte darstellt.
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cle._ image
shape | (200, 200) |
dtype | uint32 |
size | 156.2 kB |
min | 0.0 | max | 20.0 |
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