Superposer des textes sur des images

Après avoir étiqueté des éléments dans une image, on peut vouloir afficher du texte au-dessus de chaque élément décrivant, par exemple, sa surface, ou simplement le numéro d’étiquette de cet élément. Une façon de faire cela est d’utiliser la fonction annotate des axes matplotlib.

Sujets connexes précédents :

• Étiqueter des images

• Analyse quantitative d’images

from skimage.io import imread
import matplotlib.pyplot as plt
from skimage import measure
import pyclesperanto_prototype as cle

Nous ouvrons d’abord une image et étiquetons les objets qui s’y trouvent.

# Load data
blobs = imread('../../data/blobs.tif')
cle.asarray(blobs)

cle._ image shape (254, 256) dtype float32 size 254.0 kB min 8.0 max 248.0

labeled_blobs = cle.voronoi_otsu_labeling(blobs, spot_sigma=3.5)
labeled_blobs

cle._ image shape (254, 256) dtype uint32 size 254.0 kB min 0.0 max 65.0

Ensuite, nous analysons les éléments étiquetés et obtenons leurs propriétés.

# Analyse objects
regionprops = measure.regionprops(labeled_blobs)

Enfin, nous utilisons la fonction axs.annotate() avec les arguments suivants :

• text : la chaîne de caractères à afficher ;

• xy : les coordonnées pour tracer le texte ;

• fontsize : la taille du texte ;

• color : la couleur du texte ;

# Visualization
fig, axs = plt.subplots(1, 1)
cle.imshow(blobs, continue_drawing=True, plot=axs)
cle.imshow(cle.reduce_labels_to_label_edges(labeled_blobs), labels=True, plot=axs, continue_drawing=True, alpha=0.7)

# Plot label number over each element (iterate over each element)
for element in regionprops:
    # Get element centroid (x, y)
    element_centroid = (element.centroid[1]-8, element.centroid[0]+5)
    
    # Get element label and convert it to string
    element_label = str(element.label)
    
    # Plot label number at the coordinates of that element centroid
    axs.annotate(text = element_label, xy = element_centroid, fontsize = 12, color = 'white')

Comme mentionné précédemment, nous pouvons écrire des mesures quantitatives au-dessus de chaque élément, comme sa surface.

# Visualization
fig, axs = plt.subplots(1, 1)
cle.imshow(blobs, continue_drawing=True, plot=axs)
cle.imshow(cle.reduce_labels_to_label_edges(labeled_blobs), labels=True, plot=axs, continue_drawing=True, alpha=0.7)

# Plot label number over each element (iterate over each element)
for element in regionprops:
    # Get element centroid (x, y)
    element_centroid = (element.centroid[1]-8, element.centroid[0]+5)
    
    # Get element label and convert it to string
    element_area = str(element.area)
    
    # Plot label number at the coordinates of that element centroid
    axs.annotate(text = str(element_area) + " px", xy = element_centroid, fontsize = 7, color = 'white')