Bords des étiquettes

Lors du traitement d’objets biologiques dans une image tels que les cellules et les noyaux, il peut être judicieux d’identifier tous les pixels qui se trouvent à la surface d’un objet. Ce notebook montre comment sélectionner les pixels sur le bord des noyaux, au cas où nous voudrions mesurer l’intensité dans l’enveloppe nucléaire.

import pyclesperanto_prototype as cle
import numpy as np
from skimage.io import imread

image = cle.asarray(imread("../../data/mitosis_mod.tif")[0:40,25:65])
image

cle._ image shape (40, 40) dtype float32 size 6.2 kB min 12.0 max 255.0

Nous segmentons ensuite les noyaux.

label_image = cle.voronoi_otsu_labeling(image, spot_sigma=2, outline_sigma=1)
label_image

cle._ image shape (40, 40) dtype uint32 size 6.2 kB min 0.0 max 4.0

À partir de l’image étiquetée des noyaux, nous pouvons extraire une autre image étiquetée qui contient tous les pixels se trouvant sur le bord des étiquettes.

edge_label_image = cle.reduce_labels_to_label_edges(label_image)
edge_label_image

cle._ image shape (40, 40) dtype uint32 size 6.2 kB min 0.0 max 4.0

Au cas où on voudrait mesurer dans des zones plus épaisses le long des bords, nous pourrions élargir les bords.

thicker_edges = cle.dilate_labels(edge_label_image, radius=1)
thicker_edges

cle._ image shape (40, 40) dtype uint32 size 6.2 kB min 0.0 max 4.0

À des fins de visualisation, nous pouvons également voir l’image originale avec les bordures des étiquettes superposées.

cle.imshow(image, continue_drawing=True)
cle.imshow(edge_label_image, alpha=0.6, labels=True)