Déconvolution d’image#
La déconvolution d’image est également simplement une forme particulière de filtrage d’image. Nous lui consacrons un chapitre entier car les déconvolutions jouent un rôle important en microscopie à fluorescence.
Nous démontrerons les principes sur des images bidimensionnelles. Il convient cependant de souligner que la déconvolution devrait être effectuée en trois dimensions si possible, car les principes physiques sous-jacents ne sont pas les mêmes dans toutes les directions, la fonction d’étalement du point n’étant généralement pas symétrique en microscopie à fluorescence.
Installation des prérequis#
Nous utiliserons RedLionFish et SimpleITK pour déconvoluer les images. Pour faciliter l’utilisation, nous travaillerons avec ce dernier via une couche de commodité, napari-simpleitk-image-processing. Entrez ces commandes dans le terminal pour tout installer :
mamba install reikna pyopencl -c conda-forge
pip install redlionfish
pip install napari-simpleitk-image-processing