Configuration de votre ordinateur

Configuration de votre ordinateur#

Ce chapitre fournit des instructions pour configurer votre ordinateur afin d’exécuter Python pour analyser des images.

Configuration de Python et des environnements Conda#

Lorsque nous travaillons avec Python, nous utiliserons de nombreux plugins et bibliothèques logicielles qui doivent être organisés. Une façon de faire cela est de gérer les environnements Conda. Un environnement conda peut être considéré comme un bureau virtuel, ou un ordinateur virtuel, accessible via le terminal. Si vous installez un logiciel dans un environnement Conda, il se peut qu’il ne soit pas accessible depuis un autre environnement. Si un environnement Conda se brise, par exemple si un logiciel incompatible a été installé, vous pouvez simplement en créer un nouveau et recommencer.

Voir aussi

Étape 1 : Installer Mambaforge#

Téléchargez et installez Conda. Nous recommandons la distribution Conda Mambaforge.

Pour faciliter l’utilisation, il est recommandé de l’installer uniquement pour votre usage personnel et d’ajouter Conda à la variable PATH pendant l’installation.

Étape 2 : Installer devbio-napari#

Nous recommandons d’installer devbio-napari, une distribution de napari avec un ensemble de plugins pour l’analyse d’images biologiques.

Utilisez cette commande depuis le terminal :

mamba create --name devbio-napari-env python=3.9 devbio-napari -c conda-forge

Conseil : Il est recommandé de créer un environnement pour chaque projet que vous exécutez. De cette façon, les bibliothèques logicielles et les outils installés ne peuvent pas se nuire mutuellement.

Étape 3 : Tester l’installation#

Ensuite, vous pouvez entrer dans l’environnement pour travailler avec. Chaque fois que vous voulez travailler à nouveau sur le même projet, vous devez ouvrir une ligne de commande et entrer ceci :

mamba activate devbio-napari-env

Démarrez Jupyter lab depuis le terminal comme ceci

jupyter lab

Un navigateur s’ouvrira et vous montrera la page web suivante. Dans la section Notebook, cliquez sur “Python 3 (ipykernel)” pour créer un nouveau notebook :

Dans le nouveau notebook, cliquez dans la première cellule de code, entrez print("Hello world") et appuyez sur SHIFT+ENTER sur votre clavier. Si tout est correctement installé, cela devrait ressembler à ceci :

Pour tester si le pilote de votre carte graphique est correctement installé, entrez ce code :

import pyclesperanto_prototype as cle

cle.get_device()

Dépannage : Pilotes de cartes graphiques#

Si les messages d’erreur contiennent “ImportError: DLL load failed while importing cl: The specified procedure could not be found” voir aussi ou “clGetPlatformIDs failed: PLATFORM_NOT_FOUND_KHR”, veuillez installer des pilotes récents pour votre carte graphique et/ou périphérique OpenCL.

Sélectionnez la bonne source de pilote en fonction de votre matériel dans cette liste :

Parfois, les utilisateurs de Mac doivent installer ceci :

mamba install -c conda-forge ocl_icd_wrapper_apple

Parfois, les utilisateurs de Linux doivent installer ceci :

mamba install -c conda-forge ocl-icd-system

Dépannage : Échec du chargement de DLL#

En cas de messages d’erreur comme celui-ci :

[...] _get_win_folder_with_pywin32
from win32com.shell import shellcon, shell
ImportError: DLL load failed while importing shell: The specified procedure could not be found.

Essayez cette commande, dans l’environnement de base :

conda activate base

pip install --upgrade pywin32==228

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