Statistiques utilisant Scikit-image#

Nous pouvons utiliser scikit-image pour extraire des caractéristiques d’images étiquetées. Pour des raisons de commodité, nous utilisons la bibliothèque napari-skimage-regionprops.

Avant de pouvoir effectuer des mesures, nous avons besoin d’une image et d’une image_étiquetée correspondante. Par conséquent, nous récapitulons le filtrage, le seuillage et l’étiquetage :

from skimage.io import imread
from skimage import filters
from skimage import measure
from napari_skimage_regionprops import regionprops_table
from pyclesperanto_prototype import imshow
import pandas as pd 
import numpy as np
import pyclesperanto_prototype as cle

# load image
image = imread("../../data/blobs.tif")

# denoising
blurred_image = filters.gaussian(image, sigma=1)

# binarization
threshold = filters.threshold_otsu(blurred_image)
thresholded_image = blurred_image >= threshold

# labeling
label_image = measure.label(thresholded_image)

# visualization
imshow(label_image, labels=True)
../_images/5257573298d6a444b6a34d09506d6cf9a10aab208bce52c927a91ea6491b20ee.png

Mesures / propriétés des régions#

Nous utilisons maintenant la fonction très pratique regionprops_table. Elle fournit des caractéristiques basées sur la liste des mesures regionprops de la bibliothèque scikit-image. Vérifions d’abord ce que nous devons fournir pour cette fonction :

regionprops_table?

Signature:
regionprops_table(
    image: 'napari.types.ImageData',
    labels: 'napari.types.LabelsData',
    size: bool = True,
    intensity: bool = True,
    perimeter: bool = False,
    shape: bool = False,
    position: bool = False,
    moments: bool = False,
    napari_viewer: 'napari.Viewer' = None,
) -> 'pandas.DataFrame'
Docstring: Adds a table widget to a given napari viewer with quantitative analysis results derived from an image-label pair.
File:      c:\users\maral\mambaforge\envs\feature_blogpost\lib\site-packages\napari_skimage_regionprops\_regionprops.py
Type:      function

Nous voyons que nous devons spécifier quelles catégories de caractéristiques nous voulons mesurer. Une façon de diviser ces catégories est montrée ici :

Les catégories de caractéristiques qui sont définies sur True sont mesurées par défaut. Dans ce cas, les catégories sont size et intensity. Mais perimeter et shape seraient également intéressants à étudier. Nous devons donc les définir également sur True.

df = pd.DataFrame(regionprops_table(image , label_image, 
                                           perimeter = True, 
                                           shape = True, 
                                           position=True,
                                           moments=True))
df
label area bbox_area equivalent_diameter convex_area max_intensity mean_intensity min_intensity perimeter perimeter_crofton ... moments_hu-1 moments_hu-2 moments_hu-3 moments_hu-4 moments_hu-5 moments_hu-6 standard_deviation_intensity aspect_ratio roundness circularity
0 1 429 750 23.371345 479 232.0 191.440559 128.0 89.012193 87.070368 ... 0.018445 0.000847 1.133411e-04 1.205336e-08 -2.714451e-06 3.298765e-08 29.793138 2.088249 0.451572 0.680406
1 2 183 231 15.264430 190 224.0 179.846995 128.0 53.556349 53.456120 ... 0.010549 0.001177 6.734903e-05 -1.483503e-08 -5.401836e-06 -1.180484e-08 21.270534 1.782168 0.530849 0.801750
2 3 658 756 28.944630 673 248.0 205.604863 120.0 95.698485 93.409370 ... 0.000113 0.000104 1.146642e-06 4.801450e-13 9.889775e-09 -1.248247e-11 29.392255 1.067734 0.918683 0.902871
3 4 433 529 23.480049 445 248.0 217.515012 120.0 77.455844 76.114262 ... 0.000096 0.000348 3.349309e-07 -3.612652e-12 2.526209e-09 -9.198337e-14 35.852345 1.061942 0.917813 0.906963
4 5 472 551 24.514670 486 248.0 213.033898 128.0 83.798990 82.127941 ... 0.005876 0.000072 4.356690e-06 -6.223212e-11 -3.178823e-07 4.522442e-11 28.741080 1.579415 0.621952 0.844645
... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
57 58 213 285 16.468152 221 224.0 184.525822 120.0 52.284271 52.250114 ... 0.001745 0.000002 1.126452e-07 5.814575e-14 4.625041e-09 -6.410600e-15 28.255467 1.296143 0.771094 0.979146
58 59 79 108 10.029253 84 248.0 184.810127 128.0 39.313708 39.953250 ... 0.056792 0.001777 1.725200e-04 -5.364882e-08 -2.906455e-05 -7.903632e-08 33.739912 3.173540 0.300766 0.642316
59 60 88 110 10.585135 92 216.0 182.727273 128.0 45.692388 46.196967 ... 0.097966 0.002268 2.994111e-04 -1.724577e-08 -3.731912e-05 -2.461160e-07 24.417173 4.021193 0.238521 0.529669
60 61 52 75 8.136858 56 248.0 189.538462 128.0 30.692388 32.924135 ... 0.046813 0.003694 3.041106e-04 -2.539652e-07 -5.698262e-05 -1.984555e-07 37.867411 2.839825 0.322190 0.693668
61 62 48 68 7.817640 53 224.0 173.833333 128.0 33.071068 35.375614 ... 0.125246 0.004295 1.300612e-03 2.775191e-06 3.027878e-04 1.321910e-06 27.987596 4.417297 0.213334 0.551512

62 rows × 86 columns

Comme vous pouvez le voir, nous avons maintenant de nombreuses caractéristiques à étudier. Nous pouvons imprimer tous les noms de caractéristiques avec la fonction keys :

print(df.keys())

Index(['label', 'area', 'bbox_area', 'equivalent_diameter', 'convex_area',
       'max_intensity', 'mean_intensity', 'min_intensity', 'perimeter',
       'perimeter_crofton', 'extent', 'local_centroid-0', 'local_centroid-1',
       'solidity', 'feret_diameter_max', 'major_axis_length',
       'minor_axis_length', 'orientation', 'eccentricity', 'centroid-0',
       'centroid-1', 'bbox-0', 'bbox-1', 'bbox-2', 'bbox-3',
       'weighted_centroid-0', 'weighted_centroid-1', 'moments-0-0',
       'moments-0-1', 'moments-0-2', 'moments-0-3', 'moments-1-0',
       'moments-1-1', 'moments-1-2', 'moments-1-3', 'moments-2-0',
       'moments-2-1', 'moments-2-2', 'moments-2-3', 'moments-3-0',
       'moments-3-1', 'moments-3-2', 'moments-3-3', 'moments_normalized-0-0',
       'moments_normalized-0-1', 'moments_normalized-0-2',
       'moments_normalized-0-3', 'moments_normalized-1-0',
       'moments_normalized-1-1', 'moments_normalized-1-2',
       'moments_normalized-1-3', 'moments_normalized-2-0',
       'moments_normalized-2-1', 'moments_normalized-2-2',
       'moments_normalized-2-3', 'moments_normalized-3-0',
       'moments_normalized-3-1', 'moments_normalized-3-2',
       'moments_normalized-3-3', 'moments_central-0-0', 'moments_central-0-1',
       'moments_central-0-2', 'moments_central-0-3', 'moments_central-1-0',
       'moments_central-1-1', 'moments_central-1-2', 'moments_central-1-3',
       'moments_central-2-0', 'moments_central-2-1', 'moments_central-2-2',
       'moments_central-2-3', 'moments_central-3-0', 'moments_central-3-1',
       'moments_central-3-2', 'moments_central-3-3', 'moments_hu-0',
       'moments_hu-1', 'moments_hu-2', 'moments_hu-3', 'moments_hu-4',
       'moments_hu-5', 'moments_hu-6', 'standard_deviation_intensity',
       'aspect_ratio', 'roundness', 'circularity'],
      dtype='object')

Et describe nous donne des statistiques de base comme max, mean, min et std de chaque caractéristique :

df.describe()
label area bbox_area equivalent_diameter convex_area max_intensity mean_intensity min_intensity perimeter perimeter_crofton ... moments_hu-1 moments_hu-2 moments_hu-3 moments_hu-4 moments_hu-5 moments_hu-6 standard_deviation_intensity aspect_ratio roundness circularity
count 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000 ... 62.000000 6.200000e+01 6.200000e+01 6.200000e+01 6.200000e+01 6.200000e+01 62.000000 62.000000 62.000000 62.000000
mean 31.500000 355.370968 475.677419 20.074583 372.790323 233.548387 190.429888 125.161290 67.787235 67.071263 ... 0.012854 5.166382e-04 7.053581e-05 5.855846e-08 3.633047e-06 -8.703715e-09 28.689171 1.637991 0.692418 0.894101
std 18.041619 211.367385 300.328169 7.091876 223.801078 19.371838 15.382559 4.602898 25.008581 23.507575 ... 0.027066 1.077748e-03 2.093454e-04 3.687535e-07 3.998053e-05 2.897240e-07 6.127700 0.794366 0.210973 0.183024
min 1.000000 7.000000 9.000000 2.985411 7.000000 152.000000 146.285714 112.000000 6.828427 9.155272 ... 0.000056 2.514436e-07 6.992073e-09 -2.539652e-07 -5.698262e-05 -1.757113e-06 5.598834 1.048053 0.213334 0.529669
25% 16.250000 194.750000 260.000000 15.745692 204.750000 232.000000 182.969505 120.000000 52.602291 52.551616 ... 0.000627 3.032838e-05 1.242304e-07 -1.881559e-13 -1.039790e-08 -7.811552e-13 26.514258 1.168451 0.538616 0.805774
50% 31.500000 366.000000 448.500000 21.585875 376.500000 240.000000 190.749492 128.000000 69.112698 68.204464 ... 0.001971 6.198102e-05 5.957846e-07 6.176303e-14 5.408146e-10 -9.288753e-15 29.017801 1.316003 0.757485 0.925560
75% 46.750000 500.750000 685.500000 25.250050 516.500000 248.000000 199.725305 128.000000 86.097980 84.307520 ... 0.010151 3.475818e-04 3.799021e-05 1.135209e-11 1.484276e-08 1.902152e-12 32.534123 1.769976 0.851463 0.966037
max 62.000000 896.000000 1350.000000 33.776066 977.000000 248.000000 220.026144 136.000000 129.982756 125.912897 ... 0.125246 5.440067e-03 1.300612e-03 2.775191e-06 3.027878e-04 1.321910e-06 38.323999 4.417297 0.974824 1.886542

8 rows × 86 columns

Exercices#

Faites un tableau avec seulement solidity, circularity et roundness.