Segmentation d’images basée sur l’apprentissage profond#

Dans ce chapitre, nous utiliserons des algorithmes basés sur l’apprentissage profond pour la segmentation d’images.

Installation des prérequis#

Pour utiliser cellpose et stardist, ces dépendances doivent être installées :

mamba install cellpose pytorch=1.8.2 cudatoolkit=10.2 -c pytorch-lts
pip install tensorflow
pip install stardist

Les notebooks dans ce dossier ont été testés avec

  • torch==2.0.1

  • stardist==0.8.3

  • tensorflow==2.12.0

  • csbdeep==0.7.3

  • cellpose==2.2.1