(image_segmentation.split_touching_objects)

Séparer les objets en contact

Dans cette section, nous allons séparer les objets dans des images binaires qui ont une forme arrondie et se touchent. Nous utiliserons le plugin napari napari-segment-blobs-and-things-with-membranes. En coulisses, ce plugin utilise des fonctions de scikit-image.

from napari_segment_blobs_and_things_with_membranes import threshold_otsu, split_touching_objects
from skimage.io import imread
from skimage import data
from pyclesperanto_prototype import imshow

Le point de départ est une image binaire, par exemple créée en utilisant le seuillage.

blobs = imread('../../data/blobs.tif')

binary = threshold_otsu(blobs)

imshow(binary)

Nous pouvons ensuite séparer les objets en contact en ne tenant compte que de l’image binaire. L’algorithme sous-jacent vise à produire des résultats similaires à l’algorithme de watershed binaire d’ImageJ et l’implémentation ici fonctionne également en 3D.

split_objects = split_touching_objects(binary)
imshow(split_objects)