Modification des bordures des tissus

Lors de la segmentation d’amas d’objets, comme des cellules dans un organoïde, il peut arriver que les cellules segmentées à la bordure du tissu, touchant l’arrière-plan, ne soient pas correctement segmentées. Afin de ne modifier que celles-ci, il peut être judicieux de post-traiter une image étiquetée en ne modifiant que les bordures des objets proches de l’arrière-plan.

import pyclesperanto_prototype as cle

# import a function from a file in the same folder
from simulated_cell_clumb import simulate_data

Pour le démontrer, nous simulons un amas de cellules.

cells = simulate_data()
cells

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0

Nous pouvons éroder l’ensemble du champ d’étiquettes comme s’il s’agissait d’une image binaire, tout en conservant les pixels étiquetés. Ainsi, seules les étiquettes à la frontière avec l’arrière-plan sont modifiées.

eroded_cells = cle.erode_connected_labels(cells, radius=5)
eroded_cells

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0

Juste pour comparer, voici en quoi cela diffère de l’érosion d’étiquettes :

eroded_cells2 = cle.erode_labels(eroded_cells, radius=5)
eroded_cells2

cle._ image shape (200, 200) dtype uint32 size 156.2 kB min 0.0 max 40.0